Skip to main content
DA / EN

I Forskningsgruppen for Biofilminfektioner under Klinisk Mikrobiologisk Afdeling, Odense Universitetshospital, arbejder vi med klinisk og eksperimentel forskning i mikrobiologi mhp. at udvikle nye behandlingsmetoder, diagnostiske tests og medicinsk udstyr i samarbejde med hospitalsafdelinger og industrien. Der ud over arbejder vi med basalvidenskabelig forskning i infektionspatogenese hvor vi anvender infektionsmodeller i cellekulturer og dyr.

Billeder medarbejdere

 

Medlemmer

Thomas Emil Andersen, lektor, seniorforsker, ph.d.
Rune Micha Pedersen, speciallæge, klinisk lektor, ph.d.
Kristian Stærk, læge, ph.d., postdoc
Katrine Pilely, cand. scient, ph.d., postdoc
Jens Sivkær Pettersen, cand.scient, ph.d., postdoc
Line Lundegård Bang, cand.scient.san, bioanalytiker
Ditte Tornby, cand.scient, ph.d. studerende
Jannie Søvsø Hjelmager, cand.scient., forskningsassistent
Julie May Jensen, dyretekniker
Benjamin John Veggerskilde Buch, bachelorstuderende 

Vi samarbejder med  Forskningsenheden for Molekylær Mikrobiologi ved SDU.

Læs om blærebetændelse på vores hjemmeside: https://bagomblaerebetaendelse.dk/

 

 

Forskning

Fremmedlegemeinfektioner er et stadigt stigende problem og en hyppig årsag til hospitalsinfektioner. I forskningsgruppen anvendes in vitro infektionsmodeller til at undersøge adhæsion og vækst af bakterier på medicinsk udstyr, særligt katetre. Ved præcist at efterligne forholdene i eksempelvis blodbanen eller blæren, kan vi undersøge, hvordan bakterier interagerer med venekatetre eller urinvejskatetre og giver anledning til kateterrelaterede infektionssygdomme.

Ud over kateter flowmodeller anvendes cellekultur infektionsmodeller og infektionsmodeller i mus, grise og får, som led i gruppens forskning. 

I foråret 2020 udvidede gruppen desuden sine aktiviteter til at omfatte eksperimentel virusforskning, hvor vores erfaringer med in vitro cellekultur infektioner er bragt i anvendelse.

Gruppens primære akademiske samarbejdspartnere omfatter OUH afdelingerne for Hjerte- Lunge og Karkirurgi samt Urinvejskirurgi (Afd. T og L), Tromboseforskningsenheden ved Sydvestjysk Sygehus, Forskningsenheden for Cancer og Inflammationsforskning (SDU) og Mikrobiologigruppen under Institut for Biokemi og Molekylærbiologi (SDU). Derudover en række virksomhedspartnere indenfor medico- og farmaindustrien.

Billedkollage tea
 

Igangværende forskningsprojekter

I dette projekt, som støttes af EU og Innovationsfonden, samarbejder vi med Dansk Fundamental Metrologi under DTU (DK), virksomheden LightNovo ApS (DK) og virksomheden Standa (LT) om at udvikle et miniature Raman spektrometer. Det håndholdte spektrometer udvikles til at kunne identificere bakterier direkte i sår, som et redskab til hurtigt at identificere begyndende sårinfektion. Svage patienter og patienter med svækkede immunforsvar er udsatte for sårinfektioner, som hvis de opdages for sent kan føre til amputation eller død. Derfor er hurtig påvisning af begyndende infektion essentielt. Med teknologien der udvikles i dette projekt , håber vi i teamet at kunne udruste læger med et instrument som hurtigt kan give en indikation af, om der er problematiske bakterier i såret.

Projektet støttes af EU EUREKA Eurostars programmet og forløber i perioden marts 2023 – august 2025.
TELEGRAFT er et multi-disciplinært projektsamarbejde mellem 10 partnere fra Tyskland, Litauen, Portugal, Spanien, Sverige og Danmark. Målet med projektet er at udvikle en vævs- og blodkompatibel kunstig blodåre som kan anvendes ved dialyse. Behandling af dialysepatienter kræver hyppig adgang til blodbanen, og her anlægges hos nogle en kunstig blodåre som kan tåle de mange kanylestik som dialysen kræver. Der er dog problemer med nuværende kunstige blodårer som ofte genkendes som fremmed i kroppen og derved giver anledning til inflammation, vævsindvækst, blodpropper og infektion. I dette EU-støttede projekt forsøger vi at løse disse problemer gennem brug af ny materialeteknologi.   

Projektet er støttet med 4.8M€ af EU og forløber i perioden september 2022 til december 2027.
I dette projekt har vi siden starten af COVID-19 pandemien arbejdet på at afdække smitterisiko blandt covid-smittede hospitalspatienter og borgere, samt analysere effekten af COVID-19 vacciner. I projektet har gruppen etableret ét af DK’s eneste viruslaboratorier godkendt til at dyrke og arbejde eksperimentelt med SARS-CoV-2. Der arbejdes i projektet med dyrkningsassays herunder plaque assay som anvendes til at estimere virusindholdet i prøver fra specifikke patientgrupper og borgere. Projektet har gennem pandemien bidraget til at vurdere hvorvidt indlagte patienter reelt bærer smitsom virus. 

Projektet har i perioden 2020-2023 modtaget støtte fra Novo Nordisk Fonden, Region Syddanmark og statens ekstraordinære fond til corona-relateret forskning og innovation.
https://novonordiskfonden.dk/da/nyheder/7-nye-projekter-faar-del-i-novo-nordisk-fondens-akutte-coronavirus-pulje/  

Projektgruppen modtog i april 2023 en ny bevilling på 997.000 kr. fra Region Syddanmark til forskningsprojektet "Undersøgelse af smitsomhed hos patienter med viral luftvejsinfektion mhp. optimering af isolationsstrategi".  Her analyserer projektgruppen prøver fra patienter med COVID-19, RS-virusinfektion og influenzainfektion for at afdække smitterisici.
I dette projekt samarbejder vi med SDU-spinoff virksomheden GlyProVac, det tyske forskningsinstitut Fraunhofer (DE) og virksomheden Epitopic GmbH (DE) om at udvikle en vaccine mod tilbagevendende blærebetændelse (cystitis). I projektet udnyttes at overfladen på bakterier indeholder særlige glykosyleringer, som, hvis dette udnyttes i vaccineudvikling, vil kunne forbedre immunresponset over for bakterien. Til test af vaccinen anvendes gruppens grisemodel for blærebetændelse. 

Projektet er støttet af EU’s Eurostars program og forløber i perioden forår 2021 – forår 2024.

https://dagensmedicin.dk/forskere-faar-millioner-til-udvikling-af-vaccine-mod-blaerebetaendelse 
Projektet samler for første gang afdelingens kompetencer inden for klinisk og eksperimentel forskning i tarminfektioner og sigter efter at belyse patogenesen bag Clostridium difficile tarminfektion med henblik på udvikling af nye behandlingsmetoder. Infektioner med C. difficile er et stort problem, særlig på hospitaler, da bakterien er resistent over for flere gængse antibiotika. Patienter, som pga. antibiotikabehandling mister deres naturlige, sunde tarmflora, er i risiko for at blive koloniserede med C. difficile da den, som den eneste, kan overleve behandlingen. Derved risikerer patienter at blive kronisk inficerede med bakterien, hvilket kan have store konsekvenser for patientens helbred. C. difficile er svær at dyrke og undersøge i laboratoriet, bl.a. pga. dens særlige krav til iltfrie forhold i omgivelserne. Af den grund ved man relativt lidt om bakterien. I projektet udvikles en særlig anaerob (iltfri) tarminfektionsmodel som nøje efterligner forholdene i tyktarmen. Med denne model kan projektteamet studere C. difficile’s kolonisering af tarmepitel under de korrekte forhold. Dette åbner op for test af nye behandlingsmetoder, som sigter mod at fjerne bakterien fra tarmen og samtidig understøtte en genetablering af den naturlige tarmflora. Projektet er støttet af MICA fonden og udviklingen af den anaerobe flowmodel støttes af  Region Syddanmarks og SDU's proof-of-concept midler. 

Nyligt afsluttede forskningsprojekter

Projektet anvender tarminfektionsmodellen omtalt ovenfor til at afdække VRE-bakteriens evne til at kolonisere menneskets tarm. Det antages, at én af grundene til at denne bakterie så effektivt spreder sig blandt hospitalspatienter, er dens evne til hurtigt at kolonisere tarmen når patienten er i antibiotikabehandling. Med avancerede tarmepitel flowmodeller undersøges dette for første gang.

Projektet modtog støtte fra OUH og Region Syddanmark.
Projektsamarbejde med OUH’s Urinvejskirurgisk Afdeling L, Tromboseforskningsenheden ved Sydvestjysk Sygehus og Coloplast A/S.

I projektet belyses grundlæggende urinvejsinfektionspatogenese ifm. recidiverende blærebetændelse med særlig fokus på kateterbrugere og patienter med neurogen blære.

Projektet modtog støtte fra Region Syddanmark og Coloplast A/S.
Projektsamarbejde med Dansk Fundamental Metrologi under Nano-DTU, BacAlert IVS og art photonics GmbH. I BacSens udvikles et apparat som muliggør øjeblikkelig identifikation af patogene bakterier baseret på Raman spektroskopi.

Projektet modtog støtte af EU gennem Eurostars EUREKA programmet.
Se artikel om BacSens i Ingeniøren her.
Læs BacSens pressemeddelelse her.
Projektsamarbejde med Biomodics ApS (DK) og Venair Iberica SA (ES).
I projektet udvikles nye, innovative antimikrobielle ballonkatetre til infektionsfri drænage af urinvejene.

Projektet modtog støtte fra EU’s Horizon 2020 Eurostars program.

Publikationer

Heidtmann C, Fejer A, Stærk Kristian, Maria P, Asmussen M, Hertz F, Prabhala BK, Frimodt-Møller N, Klitgaard JK, Andersen TE, Nielsen C, Nielsen P. Hit-to-lead Identification and Validation of a Triaromatic Pleuromutilin Antibiotic Candidate. Accepted in Journal of Medicinal Chemistry.

Ilchenko O, Pilhun Y, Kutsyk A, Slobodianiuk D, Goksel Y, Dumont E, Vaut L, Mazzoni C, Morelli L, Rindzevicius T, Andersen TE, Lassen M, Thomsen BL, Mundhada H, Jendresen CB, Philipsen PA, Hædersdal M, Boisen A. Optics miniaturization strategy for demanding Raman spectroscopy applications. Accepted in Nature Communications.

Beagan ML, Dreyer CH, Jensen LK, Jensen HE, Andersen TE, Overgaard SO, Ding M. The potential of sheep in preclinical models for bone infection research – a systematic review. Accepted in Journal of Orthopaedic Translation.

Riber SS, Clausen LL, Dahl M, Riber LP, Andersen TE, Lindholt JS. Experimental comparative study of a novel drug-eluting arteriovenous graft in a sheep model. Accepted in Frontiers in Cardiovascular Medicine.

Schrøder B, Tentor F, Miclăuș T, Stærk K, Andersen TE, Spinelli M, Rendeli C, Del Popolo G, Bagi P, Nielsen, LF. New micro-hole zone catheter reduces residual urine and mucosal microtrauma in a lower urinary tract model. Sci Rep. 2024, 14, 2268.

Grønnemose RB, Tornby DR, Riber SS, Hjelmager JS, Riber LPS, Lindholt JS, Andersen TE. An antibiotic-loaded silicone-hydrogel interpenetrating polymer network for prevention of surgical site infections. Gels. 2023; 9(10):826.

Kern K, Delaroque N, Boysen A, Puder M, Wendt R, Kölsch A, Ehrentreich-Förster E, Stærk K, Andersen TE, Andersen K, Lund L and Szardenings M. Glycosylation of bacterial antigens changes epitope patterns. Front. Immunol. 2023. 14:1258136.

Stærk K, Schrøder B, Jensen LK, Andersen TE, Nielsen LF. Catheter-associated bladder mucosal trauma during intermittent voiding: an experimental study in pigs. BJUI Compass. 2024;5:217–223.

Rasmussen M, Møller FT, Baig S, Bennedbæk M, Christiansen LE, Cohen AS, Ellegaard K, Fomsgaard A, Franck KT, Gunalan V, Larsen NB, Larsen TG, Lassaunière R, Polacek C, Qvesel AG, Sieber RN,  Rasmussen LD, Stegger M, Spiess K, Tang ME, Vestergaard LS, Andersen TE, Hoegh SV, Pedersen RM, Skov MN, Steinke K, Sydenham TV, Hoppe M, Nielsen L, Krause TG, Ullum H, Jokelainen P. First cases of SARS-CoV-2 BA.2.86 in Denmark, 2023. Eurosurveillance. 2023 Sep 7; 28(36): 2300460.

Stærk K, Jensen, LK, Andersen TE. Evaluation of urine dipstick tests in experimental porcine urinary tract infection with uropathogenic Escherichia coli. Sci Rep 13, 12404 (2023). https://doi.org/10.1038/s41598-023-39239-7.

Pedersen RM, Bang LL, Holm DK, Madsen LW, Johansen IS, Jensen TG, Justesen US, Bistrup C, Andersen TE. Serum Neutralization of Omicron XBB.1.5 in Kidney Transplant Recipients After Bivalent mRNA Booster Vaccination. Kidney International Reports. 2023 May 26;8(8):1665–8. doi: 10.1016/j.ekir.2023.05.020.

Ehmsen S, Pedersen RM, Bang LL, Asmussen A, Kragh A, Holm DK, Sydenham TV, Jensen TG, Jeppesen SS, Frederiksen H, Andersen TE, Ditzel HJ. BQ.1.1, XBB.1, and XBB.1.5 neutralization after bivalent mRNA COVID-19 booster in patients with cancer. Cancer Cell. 2023 Apr 10;41(4):649-650

Stærk K, Langhorn L, Andersen TE. Clean-catching urine from pigs: A method for collecting quality specimens for urinalysis and microbiological culturing in a laboratory environment. Lab Anim. 2023;57(3):293-303

Stærk K, Langhorn L, Palarasah Y, Andersen TE. A method for collecting high numbers of blood samples in standard vacuum tubes from non-heparinized pigs. Lab Anim. 2023;57(3):336-340

Pedersen RM, Bang LL, Tornby DS, et al. Serum Neutralization of Omicron BA.5, BA.2 and BA.1 in Triple Vaccinated Kidney Transplant Recipients. Kidney Int Rep. 2023;8(3):667-671

Stærk K, Grønnemose RB, Palarasah Y, Lund L, Andersen TE. Intracellular Uropathogenic Escherichia coli are undetectable in urinary bladders after oral mecillinam treatment: an experimental study in a pig model of cystitis. Microbial Pathogenesis 2022;173(Pt A):105817.

Pedersen RM, Bang LL, Tornby DS, Madsen LW, Holm DK, Sydenham TV, Johansen IS, Jensen TG, Justesen US, Andersen TE. Omicron BA.5 Neutralization among Vaccine-Boosted Persons with Prior Omicron BA.1/BA.2 Infections. Emerging Infectious Diseases 2022;28(12):10.3201/eid2812.221304.

Thomsen BL, Christensen JB, Usenov I, Grønnemose RB, Andersen TE, Lassen M. Accurate and fast identification of minimally prepared bacteria phenotypes using Raman spectroscopy assisted by machine learning. Scientific Reports 2022;12(1):16436.

Tentor F, Schrøder BG, Nielsen S, Schertiger L, Stærk K, Andersen TE, Bagi P, Nielsen LF. Development of an ex-vivo porcine lower urinary tract model to evaluate the performance of urinary catheters. Scientific Reports 2022;12:17818.

García V, Stærk K, Alobaidallah MSA, Grønnemose RB, Guerra PR, Andersen TE, Olsen JE, Herrero-Fresno A. Genome-wide analysis of fitness factors in uropathogenic Escherichia coli in a pig UTI model. Microbiological Research. 2022 Sep 15;265:127202.

Pedersen RM, Bang LL, Tornby DS, Kierkegaard H, Nilsson AC, Johansen IS, Sydenham TV, Jensen TG, Justesen US, Bistrup C, Andersen TE*. Neutralization of SARS-CoV-2 Omicron and Delta variants in relation to vaccine-induced antibody levels in kidney transplant recipients and healthy controls. Microbiology Spectrum. 2022 Sep 28;e0131422.

Stærk K, Hjelmager JS, Alm M, Thomsen P, Andersen TE. A new catheter-integrated drug-delivery system for controlled intravesical Mitomycin C release. Urologic Oncology. 2022 Jun 23:S1078-1439(22)00193-4.

Pedersen RM, Bang LL, Madsen LW, Sydenham TV, Johansen IS, Jensen TG, Justesen US, Andersen TE. Serum Neutralization of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 and BA.2 after BNT162b2 Booster Vaccination. Emerging Infectious Diseases. 2022;28:1274-1275.

Stærk KS, Andersen MØ, Andersen TE. Uropathogenic Escherichia coli can cause cystitis at extremely low inocula in a pig model. J. Med. Microbiol. 2022;71(4). doi: 10.1099/jmm.0.001537.

Torres-Puiga S, García V, Stærk K, Andersen TE, Møller-Jensen J, Olsen JE, Herrero-Fresno A. 'Omics'-technologies -What have they told us about Uropathogenic Escherichia coli fitness and virulence during urinary tract infection? Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 2022;12:824039.

Guo Y, Contesini F, Wang X, Ghidinelli S, Tornby D, Andersen, TE, Mortensen U, Larsen TO. Biosynthesis of Calipyridone A Represents a Fungal 2-pyridone Formation without Ring Expansion in Aspergillus californicus. Organic Letters. 2022;24(3):804-808.

Pedersen RM, Tornby DS, Bang LL, Madsen LW, Skov MN, Sydenham TV, Steinke K, Jensen TG, Johansen IS, Andersen TE. Rectally shed SARS-CoV-2 in COVID-19 inpatients is consistently lower than respiratory shedding and lacks infectivity. Clin Microbiol Infect. 2022;28(2):304.e1-304.e3.

García V, Grønnemose RB; Torres-Puig S, Kudirkiene E, Piantielli M, Ahmed S, Andersen TE, Møller-Jensen J, Olsen JE, Herrero-fresno A. Genome-wide analysis of fitness-factors in uropathogenic Escherichia coli during growth in laboratory media and during urinary tract infections. Microb Genom. 2021;7(12):000719.

Stærk K, Grønnemose RB, Nielsen TK, Petersen NA, Palarasah Y, Torres-Puig S, Møller-Jensen J, Kolmos HJ, Lund L, Andersen TE. Escherichia coli type-1 fimbriae are critical to overcome initial bottlenecks of infection upon low-dose inoculation in a porcine model of cystitis. Microbiology. 2021;167(10).

Marbjerg L, Stougaard CL, Sørensen S-AG, Thomsen AV, Wang L, Andersen L, Andersen TE, Kallipolitis B and Kemp M. A New Tool for Analyses of Whole Genome Sequences Reveals Dissemination of Specific Strains of Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium in a Hospital. Front. Med. 2021; 8:733676. doi: 10.3389/fmed.2021.733676.

Pedersen RM, Bang LL, Tornby DS, Kierkegaard H, Nilsson AC, Johansen IS, Bistrup C, Jensen TG, Justesen US, Andersen TE. The SARS-CoV-2-neutralizing capacity of kidney transplant recipients 4 weeks after receiving a second dose of the BNT162b2 vaccine. Kidney International. 2021;100:1129-1131.

Trink J, Li R, Palarasah Y, Troyanov S, Andersen TE, Sidelmann JJ, Inman MD, Pizzo SV, Gao B, Krepinsky JC. Activated alpha 2-macroglobulin is a novel mediator of mesangial cell profibrotic signaling in diabetic kidney disease. Biomedicines 2021, 9(9), 1112.

Pedersen RM, Tornby DS, Bistrup C, Johansen IS, Andersen TE, Justesen US. Negative SARS-CoV-2 antibodies, T-cell response and virus neutralization following full vaccination in a renal transplant recipient: a call for vigilance. Clin Microbiol Infect. 2021:S1198-743X(21)00290-1.

Pedersen RM, Tornby DS., Bang LL, Madsen LW, Skov MN, Jensen TG, Johansen IS, Andersen TE. Rectally shed SARS-CoV-2 lacks infectivity: time to rethink faecal–oral transmission? Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology. 18, 669 (2021).



Sidst opdateret: 06.12.2023