Vejlederfunktionen er et vigtigt element i ph.d.-forløbet. Vejledningen omfatter information og rådgivning om alle aspekter af ph.d.-uddannelsen med fokus på faglig vejledning i forbindelse med forskningsaktiviteterne. Hovedvejlederen har ansvaret for den samlede ph.d.-uddannelse, jf. ph.d.-bekendtgørelsens § 8.
Et godt ph.d.-forløb kræver, at der fra ph.d.-uddannelsens start etableres et velfungerende samarbejde mellem den ph.d.-studerende, hovedvejlederen og medvejlederen, hvor den ph.d.-studerende og vejlederne afstemmer krav og forventninger til hinanden. En beskrivelse af de gensidige krav og forventninger til vejledningsforløbet - herunder forventninger til vejledningens form og omfang skal fremgå af ph.d.-planen.
Der forventes en samlet, fælles minimumsnorm for hoved- og medvejleder på 100 timer pr. år pr. ph.d.-studerende, og at hovedvejlederen følger den ph.d.-studerendes projekt nøje gennem hele studieforløbet. Hovedvejlederen bør løbende være i tæt dialog med den ph.d.-studerende om, hvordan projektet skrider frem, samt i hvilket omfang, der er behov for justeringer af projektet samt ph.d.-uddannelsens øvrige elementer (kurser, undervisning, ophold i andre forskningsmiljøer m.v.).
I forbindelse med de regelmæssige evalueringer skal det oplyses, hvordan vejledningen er forløbet og hvilket omfang den har haft. Ph.d.-skolen anbefaler, at der afholdes fælles vejledningsmøder, hvor begge vejledere deltager mindst én gang per semester.