Fragmentsamlingen består af flere bidder af middelalderlige håndskrifter og tidlige tryk. Disse tekster er af bogbindere i specielt det 16. og 17. århundrede blevet klippet i stykker og genanvendt som dele af bogomslag og -indbindinger. Nogle af disse fragmenter findes i dag i løs form.
Tekstbidderne udgør væsentlige kilder til fortiden, og biblioteket søger at finde, registrere, digitalisere og formidle fragmenterne til forskere og undervisere (nationalt såvel som internationalt), til SDU’s studerende og til offentligheden generelt.
P.t. har vi fundet op mod 200 fragmenter af middelalderlige håndskrifter og sjældne tryk ved manuel gennemgang af særsamlingerne, hvor tekstbidderne kan være placeret som synlige bogomslag (ofte i pergament) eller som makulatur i form af hæftende strimler skjult i bøgernes rygge eller permer.
Dimensionerne for de allerede fundne fragmenter kan spænde fra ca. 1 cm2 til hele sider (på fx ca. 30 x 20 cm). Nogle fragmenter af håndskrifter fra middelalderen har kunstfærdigt malede initialer i rødt og blåt, mens andet kun er sort på hvidt.
Det meste fra middelalderen er skrevet på latin. Men der er også eksempler på andre sprog, fx tysk og hebræisk. I forhold til fragmenter af middelalderlige håndskrifter er historienbl.a. den, at man efter reformationen havde en masse katolske tekster, der ikke umiddelbart lod sig anvende i det protestantiske miljø.
Imidlertid var læderet og pergamentet som materiale meget nyttigt for datidens bogbindere. Det kunne også anvendes i andre sammenhænge, fx som hylstre til krudt. I de tilfælde, hvor bogbinderne genanvendte pergamentet, blev der ofte skabt gunstige bevaringsforhold for de gamle tekstbidder, når de blev pakket helt ind i bogomslagene.
Tekster, der blev placeret uden på en bog, blev med tiden slidt mere end tekster, der fx blev placeret på indersiden af permerne, dvs. på indersiden af bogomslagets flapper. De bevarede håndskriftbidders kvalitet vil i øvrigt være betinget af den tilstand, som de var i, da bogbinderen fik fat i dem. Det var ikke alt, der var fint til at starte med.
De fleste af bibliotekets bevarede håndskriftfragmenter fra middelalderen er liturgiske, dvs. at de originale tekster indgik som del af den romersk-katolske kirkes materiale til messen og tidebønnerne. Ofte er der tale om gregoriansk vekselsang med både tekst og noder, der blev anvendt i klostrene og ved domkapitlerne.
Fragmentsamlingen omfatter også en række teologisk-filosofiske tekster, herunder middelalderlige afskrifter efter værker af Thomas Aquinas (1225-1274), St. Bonaventura (ca. 1217-1274), Abbas antiquus (alias Bernard de Montmirat, ca. 1225-1296), Beda den Ærværdige (ca. 672-735), Origenes (ca. 185-254), Petrus Lombardus (ca. 1100-1160), Gregor den Store (ca. 540-604), Nicolaus de Lyra (ca. 1270-1349) og Augustin (354-430) m.v. Et fragment med én af Bedas homilier er det ældste materiale på SDUB – fra ca. 9. århundrede.
Inden for retsvæsen er der både eksempler på kanonisk ret (kirkeret, Corpus IurisCanonici) og romerret eller civilret. Således finder man inden for romerretten fx fragmenter af Justinians lovsamling, Corpus IurisCivilis (herunder lidt fra delene Digesta ogCodexJustinianus), hvor et interessant stykke bl.a. har Lex Falcidia de Legatis (opkaldt efter den romerske jurist Falcidius;om tvangsarv). Nævnes kan også bidder af en afskrift efter CodexTheodosianus (efter kejser Theodosius II). Fragmenterne med romerret omfatter også stykker af et tidligt tryk af Bartolus de Saxoferrato (1313-1357).
Til de middelalderlige håndskriftfragmenter hører som noget ganske usædvanligt og sjældent også to stykker af Ciceros De natura deorum. På SDU arbejdes der tværfagligt med fragmentsamlingen.