CMSS' formål er at levere ekspertise til sikring og udvikling af det bedst mulige arbejdsmiljø, sundhed og sikkerhed for søfolk, fiskere, ansatte på havanlæggene samt shipping økonomi inden for Det Blå Danmark. Målet opfyldes gennem forskning, dokumentation, rådgivning, undervisning og kliniske undersøgelser.
CMSS' overordnede forskningsområder er:
• Fiskeri
• Offshore
• Søfart
• Miljøøkonomi