Der er en række fordele og ulemper ved både den kollaborative og den kooperative samarbejdsform. Ofte er der ikke mange fordele ved at dyrke enten den ene frem for den anden. Derimod kan fordele ved den ene samarbejdsform ofte kombineres med fordele ved den anden, hvis en kombination mellem de to samarbejdsformer finder sted. Nedenfor er de fordele og ulemper der eksisterer ved de to samarbejdsformer synliggjort:

	Kollaborative	Kooperative
Fordele	Fælles kontekst: Fælles opfattelse af mål, fælles sprog og håndtering af kulturelle barrierer på tværs af sektorer. Gensidig afhængighed: Samspil og udnyttelse af forskellige kompetencer.	Fordeling af afgrænsede arbejdsopgaver: Skaber fremdrift i projektet og mindsker uforudsigelighed
Ulemper	Uforudsigelige løsninger: Uvished om hvad processen vil byde på og hvilket slutprodukt der kan opnås. Manglende fremdrift: Der kan gå lang tid inden løsninger bliver synlige, hvilket kan skabe usikkerhed.	Forskellige kontekster: Manglende forståelse og benyttelse af hinandens kompetencer.

Et OPI-projekt primært præget af kooperation sikrer ofte fremdrift i projektet ved, at opgavefordelingen mellem de offentlige og private parter sker med henblik på at levere et konkret produkt. Dette mindsker uforudsigeligheden i processen og i projektets løsninger, og det kan være en tidsmæssig fordel i forhold til at synliggøre konkrete løsninger.

Manglen på fælles opgaveløsning og tætte relationer mellem de to forskellige parter kan imidlertid betyde, at der ikke skabes viden baseret på forståelsen og benyttelsen af hinandens kompetencer. Den lave grad af kollaboration mellem de offentlige og private parter skaber en tendens til, at de private parter går glip af de værdier, som kollaboration medfører i et OPI-samarbejde. Det er værdier, der opstår som følge af tætte relationer mellem offentlige og private parter i innovationsprocessen. Værdien af kollaboration kommer især til udtryk som fælles videnudvikling: Parternes kompetencer arbejder sammen om at innovere nye produkter målrettet den danske sygehussektor. Herudover opnås et øget kendskab til kulturelle forskelle mellem den offentlige og private sektor gennem opbygningen af en fælles kontekst og et fælles sprog.