Fakultetet ledes af fakultetsledelsen og er organiseret med i alt tre institutter og to interdisciplinære centre,  som beskæftiger sig med et bredt spektrum af forskningsområder og uddannelsesretninger.

Administrationen er organiseret i Dekansekretariatet og Administrationscenter SBS/SAMF, der betjener dekan, prodekan, studerende, medarbejdere og ledelse.