Ph.d.-skolens brede humanistiske fagområde er inddelt i mere specifikt fagligt profilerede forskeruddannelsesprogrammer med følgende organisering og kommissorium:
Forskerprogrammernes organisering
Ph.d.-skolen har følgende fem programmer med egne hjemmesider:
Design, IT og Kommunikation (FDIK)
Filosofi, Uddannelsesvidenskab og Medier (FFUM)
Litteratur, Æstetik og Kultur FLÆK)
Områdestudier, Religion, Arkæologi og Historie (FORAH)
Sprog og Kommunikation (FSK)
Ved optagelse og indskrivning i ph.d.-skolen tilknyttes de ph.d.-studerende det forskeruddannelsesprogram deres projekt hører ind under. Forskeruddannelsesprogrammerne udarbejder fagspecifikke kurser og tager initiativ til studiekredse og andre ph.d.-aktiviteter, ofte i nationalt og internationalt samarbejde med andre universiteter.