Metoder

FLOWCYTOMETRI OG CELLESORTERING

Med FLOWCYTOMETRI undersøger vi, hvilke proteiner, der er til stede i den enkelte kræftcelle eller i mikromiljøet. Cellerne farves med fluorescensmærkede antistoffer, som binder til specifikke proteiner i cellen. Metoden giver desuden information om cellernes størrelse og fænotype. Vi sorterer udvalgte blod- og knoglemarvsceller i subpopulationer baseret på deres overfladeproteiner. Sorteringen udføres enten ved at bruge beads-mærkede antistoffer til MAGNETISK oprensning med AUTOMACS PRO SEPARATOR eller ved at bruge fluorescensmærkede antistoffer til CELLESORTERING på SDU’s core-facilitet ”The Danish Center for Advanced Cell Analysis (DCCA)”, afhængigt af projektets behov og de ønskede cellepopulationer.

SEKVENTERING

Vi anvender flere forskellige sekventeringsplatforme til vores projekter. Vi råder selv over en ILLUMINA MISEQ, som primært bruges til målrettet sekventering af klonale immunglobulin-rearrangementer. Metoden anvendes til at påvise målbar restsygdom hos patienter med eksempelvis myelomatose og lymfekræft. Her kan vi identificere helt ned til én kræftcelle blandt en million normale B-celler. Derudover råder vi over en OXFORD NANOPORE MINION, som muliggør long-read-sekventering i mindre skala. Ved større sekventeringsprojekter (helgenom-, exom-, transkriptom- eller omfattende long-read-sekventering) får vi udført selve sekventeringen eksternt.

BIOBANK

Vi nedfryser blod- og knoglemarvsprøver fra hæmatologiske patienter, der har givet samtykke til at indgå i vores projekter. Afhængigt af formålet isolerer vi relevante cellefraktioner samt blod- og marvplasma. Mononukleare celler oprenses ved negativ selektion på AutoMACS‑systemet og nedfryses enten som levende celler eller som lyserede celler, der senere kan anvendes til oprensning af DNA og RNA. De levende celler opbevares i flydende kvælstof til efterfølgende analyser.

CELLEDYRKNING

Vi dyrker både hæmatologiske cellelinjer og primære blod- og knoglemarvsceller under kontrollerede laboratorieforhold. Cellelinjerne bruges som kontroller i molekylærgenetiske analyser og til metodeudvikling, så behovet for primære celler reduceres, og de indgår endvidere i funktionelle studier. De primære celler gør det muligt at undersøge patientnære biologiske processer i funktionelle assays og dermed opnå mere direkte indsigt i sygdomsbiologien.