Institutter og centre dækker tilsammen over en bred vifte af forskningsområder og udbud af uddannelser. Hvert fakultet består af flere institutter, hvor institutterne har betydelig faglig og økonomisk selvstændighed og ansvar indenfor de rammer, som dekanen fastsætter.
Dekanen ansætter en institutleder ved hvert institut. Vedkommende skal, indenfor et af instituttets fagområder, være anerkendt forsker og have undervisningserfaring.
For at fremme og synliggøre formidling og vidensudveksling samarbejder fakulteterne med forskellige eksterne parter. Disse aktiviteter er organiseret i såkaldte centre.
Centrene tjener til at fremme særlige formål inden for forskning, uddannelse eller vidensudveksling.
Et center etableres i kontrakt- eller projektform med en eller flere eksterne parter. Centrets funktion og opgaver fastsættes i samarbejde mellem fakultetet og den eller de eksterne parter, der deltager i centret. Opgaverne fastlægges i en handlingsplan for den givne funktionsperiode.