I besættelsens første år fortsatte undervisningen på de to danske universiteter, så godt det nu kunne lade sig gøre under krigens forhold. Situationen blev markant vanskeligere efter augustoprøret 1943, som førte til regeringens tilbagetræden den 29. august. I forbindelse med augustoprøret tog tyskerne otte universitetsprofessorer til fange i København og fire i Århus.
Tyskerne betragtede, og ikke uden grund, universiteterne som et arnested for modstanden mod den tyske besættelse. Efter begivenhederne i august 1943 nedlagde den tyske kommandant i Århus forbud, så undervisningen ikke som planlagt kunne begynde den 1. september. Efter et par ugers forhandlinger blev forbuddet ophævet, og efterårssemestret 1943 kunne starte midt i september måned.
I det hele taget gik krigen hårdest ud over Aarhus Universitet. De tyske myndigheder havde rekvireret studenterkollegierne som lokaler til det jyske hovedkvarter for Gestapo. Ved et vellykket præcisionsangreb den 31. oktober 1944 lykkedes det Royal Air Force at ødelægge Gestapo-hovedkvarteret, men ved et uheld ramtes også universitetets hovedbygning, hvor håndværkere og universitetsansatte omkom. Indtil befrielsen henstod de udbombede studenterkollegier som ruiner.
Gestapos fynske hovedkvarter befandt sig på Husmandsskolen i Tarup, 4 km nordvest for Odenses centrum, og blev bombet af RAF den 17. april 1945. Skolen blev genopbygget efter krigen og tog senere navneforandring til Nordisk Landboskole. I dag hedder skolen Nordisk Landbrugs Akademi og er en del af Tietgenskolen.
Topbilledet er et fotografi taget fra en af RAFs maskiner under bombardementet af studenterkollegierne i Århus.