I slutningen af 1300-tallet var den katolske kirke splittet mellem to paver, én i Rom og én i den sydfranske by Avignon. Et forsøg på at vælge en ny pave på kirkemødet i Pisa 1409 gjorde kun sagen værre, da de to siddende paver nægtede at træde tilbage. Skismaet fandt sin løsning på kirkemødet i Konstanz 1414-1418. Alle tre paver blev afsat, og man valgte en ny, italieneren Oddo Colonna, som tog navnet Martin 5. Som et yderligere bidrag til enhed i kirken vedtog kirkemødet at brænde den bøhmiske reformator Johan Hus.
I middelalderen krævede oprettelse af nye universiteter pavens tilladelse, og et par år efter sin tiltrædelse godkendte Martin 5. etableringen af to nye universiteter i Nordeuropa: et i Rostock og et i København. Paven skriver imidlertid udtrykkelig, at der ikke må undervises i teologi ved de nye universiteter! – et forbud, der for Rostocks vedkommende først blev ophævet i 1432.
Planerne om et universitet i København blev ikke til noget i denne omgang, og de danske studerende søgte i stedet til Rostock. I 1423-1424 var der en hel række syddanske studerende i Rostock: Morten Nielssøn fra Nyborg (Martinus Nicolai de Nuborch in Fionia), Richard Peterssøn og Hans, begge fra Svendborg (Richardus Petri de Zwineborch, Johannes de Swineborc), Mads fra Slagelse (Matheus de Slaulosia) og Anders Skeel fra Ribe (Andreas Scheele de Ripa).
Rostock vedblev længe at stå øverst på de danske studerendes hitliste, efterfulgt af Greifswald (oprettet 1456) og Köln. Åbningen af Københavns Universitet i 1479 medførte en kortvarig nedgang i søgningen af danske studerende til Rostock, men allerede i 1480’erne var den tilbage på sit gamle niveau.
Billedet viser et udsnit af Rostock universitets segl.