Klinisk Institut har mere end 45 forskningsenheder og 8 centre inden for alle medicinske og kirurgiske specialer. Derudover har Klinisk Institut sammen med OUH etableret en række Elite Forskningscentre. Klinisk Institut bidrager derudover til Excellent Forskningscentre og Frontlinjecentre.
Der blev i 2021 udgivet 1991 publikationer med peer review under KI.