På Det Naturvidenskabelige Fakultet er der en række råd, nævn og udvalg, hvis formål er at støtte og vejlede dekanen og studielederen samt at varetage en lang række forskellige opgaver.

• Akademisk Råd 
• Det Naturvidenskabelige Studienævn 
• Fakultetets ledelsesgruppe  
• Ph.d.-udvalget  
• Samarbejdsudvalget 
• Fakultetsarbejdsmiljøudvalget 

Studienævnet for Farmaci er placeret under Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet.

Udvalg nedsat af dekanen

• Ligestillingsudvalget   

Udvalg nedsat af studienævnene

• Institutternes ph.d.-studieudvalg 
• Institutternes undervisningsudvalg
• Førsteårsprojektudvalget

Fakultetets formandskaber i tværfakultære råd, nævn og udvalg på SDU

Dekan Martin Zachariasen

• Formand for SDU E-science
• Formand for SDU's ligestillingsudvalg

Professor Niels J. Færgeman

• Formand for Fuhrmann-Fonden

Professor Jesper Wengel

• Formand for Universitetsrådet

Lektor Erik Kristensen

• Formand for Stipendieudvalget

Fakultetets formandskaber i eksterne råd, nævn, udvalg og bestyrelser

Dekan Martin Zachariasen

• Formand for DeIC HPC LedelsesCAB
• Formand for Science Ventures Denmark A/S' bestyrelse
• Formand for Smart Cities and Communities' styregruppe
• Formand for Sct. Knuds Gymnasiums bestyrelse

Institutleder Frants Roager Lauritsen

• Formand for Tornbjerg Gymnasiums bestyrelse

Professor Ole Nørregaard Jensen

• Formand for Vestfyns Gymnasiums bestyrelse

Professor Susanne Mandrup

• Formand for ERC Consolidator Grant Panel, Life Sciences - Genetics, genomics, bioinformatics and systems biology (LS2)

Professor Claus Michelsen

• Formand for Midtfyns Gymnasiums bestyrelse
• Formand for Center for Selvmordsforsknings bestyrelse

Professor Jens Oddershede

• Formand for Danmarks Forsknings- og Innovationspolitiske Råd
• Formand for Faaborg Gymnasiums bestyrelse

Professor Jesper Wengel

• Formand for VILLUM FONDENs postdoc-udvalg

Lektor Ole Næsbye Larsen

• Formand for International Bioacoustics Council