Syddansk Universitet blev etableret ved en fusion i 1998 mellem Odense Universitet, Handelshøjskole Syd/Ingeniørhøjskole Syd og Sydjysk Universitetscenter
Pr. 1. januar 2006 indfusionerede Syddansk Universitet Ingeniørhøjskolen Odense Teknikum og etablerede i den forbindelse Det Teknisk Fakultet.
Pr. 1. januar 2007 er Statens Institut for Folkesundhed (SIF) og Handelshøjskolecentret i Slagelse ligeledes blevet indfusioneret i Syddansk Universitet. SIF opretholder sin status som et nationalt folkesundhedsinstitut og vil fortsat være placeret i København. Handelshøjskolecentret bliver et institut under Det Samfundsvidenskabelige Fakultet og udgør SDUs campus i Slagelse.
I 2006 fejrede universitetet sit 40-års jubilæum, da det tidligere Odense Universitet blev etableret i 1966. Læs mere om universitetets tilbliven i et særnummer af Ny Viden udgivet i forbindelse med jubilæet.