Rektorsekretariatet er sekretariat for universitetets daglige ledelse, som er rektor, prorektor og universitetsdirektør. Rektorsekretariatet betjener universitetets bestyrelse, fællesrepræsentantskab, direktion og en række interne udvalg og fonde. Rektorsekretariatet varetager uddannelses- og forskningspolitisk sagsbehandling og flere koordinerende funktioner, herunder kontakt til kommuner, regionen, ministerier, Danske Universiteter og andre uddannelsesinstitutioner foruden høringer og udpegninger. Rektorsekretariatet står for at planlægge SDU’s Årsfest i oktober, hvor blandt andet universitetets prisuddelinger finder sted.
Juridisk Kontor er en del af Rektorsekretariatet. Kontorets fokusområder er juridisk rådgivning til rektor, universitetsdirektør, dekaner, medarbejdere m.fl. samt behandling af studerendes klagesager. Juridisk Kontor sekretariatsbetjener meritankenævnet. Juridisk kontor kan kontaktes på jura@sdu.dk.