Universitetet er en europæisk opfindelse, og de ældste af dem stammer fra middelalderen. Verdens ældste universitet er det i Bologna, der blev grundlagt i 1088. Siden fulgte en række andre universiteter, særligt i Sydeuropa. Især universitetet i Paris blev vigtigt for udviklingen af det middelalderlige universitets fag og traditioner. I dag ligger verdens førende universiteter i den engelsktalende verden. Det ældste af disse er det i Oxford, der skriver sin historie tilbage til tiden omkring 1100.
I 1348 kom der et universitet i det tysksprogede område, idet den bøhmiske konge Karl 4. oprettede et universitet i Prag. Institutionen var opbygget med det parisiske universitet som forbillede og derfor inddelt i de fire klassiske fakulteter: teologi, jura, lægevidenskab og humaniora. Studenterne var opdelt i fire ”nationer”: bøhmiske, polske, bayerske og saksiske studerende. En sådan opdeling var almindelig i senmiddelalderen, og de to ældste svenske universiteter i Uppsala og Lund har stadig nationer, selv om de selvfølgelig fungerer på en helt anden måde i dag.
I de følgende år er der noteret en lang række danske studerende i Prag, blandt dem den senere biskop i Odense, Tetze Podebusk, men i begyndelsen af 1400-årene blev universitetet splittet af indre stridigheder imellem nationerne, og fra 1419 foretrak nordiske studerende at søge til det nyoprettede universitet i Rostock. Der var dog også mange danskere i Paris, Wien og Leuven.
I middelalderen var Danmark et katolsk land, og oprettelsen af et universitet krævede Pavens godkendelse. Allerede i 1419 havde Erik af Pommern fået pavelig tilladelse til at oprette et dansk universitet, men planerne blev aldrig til noget. Under Christian 1.s rejse til Rom i 1474-75 blev emnet igen taget op, og i en bulle af 19. juni 1475 gav pave Sixtus 4. tilladelse til, at der kunne oprettes et universitet i København. Den officielle indvielse fandt sted 1. juni 1479 med deltagelse af kongen og biskoppen over Roskilde Stift.
Ifølge det nye universitets statutter, der svarede til andre europæiske universiteters, var det øverste organ lærerforsamlingen, congregatio universitatis, senere kendt som konsistorium, og den daglige ledelse lå hos rektor, der blev valgt af og blandt universitetets professorer. Oprindeligt var der rektorvalg to gange om året, men allerede i 1487 gik man over til valgperioder på ét år.
Universitetet i København skulle i de næste mange århundreder forblive kongerigets eneste. Først i 1795 blev der fremsat tanker om at placere et universitet i den nuværende region Syddanmark, nemlig i Kolding. I første omgang blev det ikke til noget, men ideen blev genoptaget i 1840. Formålet var dels at gøre det lettere for jyderne at studere, dels var det et kultur- og sprogpolitisk modtræk mod det tysksprogede universitet i Kiel, som Gottorp-hertugen Christian Albrecht havde oprettet i 1665. Det første dansksprogede universitet uden for København blev dermed universitetet i Oslo, som Frederik 6. lod oprette i 1811. Det var også Frederik 6., der i 1827 gav Serampora College i de danske besiddelser i Indien lov til at tildele universitetsgrader. Det var dog en engelsksproget institution, som der ikke er nogen stærk tradition for at gøre til en del af dansk universitetshistorie.
Først i 1900-tallet kom der atter gang i planerne for et universitet uden for København. I 1919 nedsatte regeringen en universitetskommission, der skulle tage stilling til placeringen af et nyt universitet om aflastning for det i København. Både Sønderborg og Kolding blev bragt på banen som mulige placeringer, ligesom bispebyen Viborg var et muligt emne, men udvalgets flertal pegede på Aarhus, hvor det nye universitet blev indviet i 1928.
Da Aarhus Universitet blev oprettet, var forbilledet ikke kun de gamle universiteter i Europa, men også de nyere universiteter i USA. Man var blandt andet inspireret af Stanford University, der var blevet grundlagt i 1891, og som i dag er et af verdens førende universiteter. Det var således parallelt med de amerikanske udviklinger, at det lokale erhvervsliv spillede en stor rolle under grundlæggelsen af Aarhus Universitet, ligesom den fysiske indretning omkring Universitetsparken har mange træk tilfælles med de amerikanske campusser, hvoraf mange var stærkt inspireret af den britiske tradition for at have ”colleges”, hvor de studerende kunne bo under deres studier. Det blev også et vigtigt træk i den amerikanske universitetshistorie, at der særligt i 1800-tallet blev grundlagt mange private universiteter. Aarhus Universitet blev også grundlagt som et privat initiativ, men det blev siden en offentlig institution på linje med det i København, hvorimod de store private universiteter i USA stadig fungerer som selvejende institutioner, der finansieres af f.eks. de studerendes indbetalinger og af afkast fra de gamle formuer, der i dag drives som topprofessionelle kapitalfonde.
Alt dette minder os om, at selv om mange ideer og begreber i universitetets verden har middelalderlige rødder, så er der meget langt fra de middelalderlige præsteskoler til de moderne forskningsuniversiteter, der især blev udviklet i 18- og 1900-tallet – og det minder os om, at også det moderne universitet har undergået store forandringer over tid. Et eksempel kunne være den ledelsesmæssige indretning af de moderne universiteter. De gamle ideer om kollegialt styre, hvor universitetets professorer valgte en rektor af egen midte, fandtes helt frem til 1960’erne, hvor der opstod en stærk kritik af dette ”professorvælde”. Tidsånden krævede noget radikalt nyt, og det kom så med styrelseslovene fra begyndelsen af 1970’erne, der gav først de studerende og siden det teknisk-administrativt personale en stemme i universitetets indre anliggender. De danske universiteter gik nu ind i en ca. 30 år lang periode, hvor rektor blev valgt gennem valg på hele universitetet. Et senere skifte kom med Universitetsloven af 2003, der gav de danske universiteter bestyrelser med et flertal af eksterne medlemmer. Nu blev det sådan, at bestyrelsen på det enkelte universitet ansætter rektor, der så ansætter fakulteternes dekaner, der igen ansætter lederne af de enkelte institutter. Det er dog stadig sådan, at man skal være en anerkendt forsker for at kunne blive rektor, dekan eller institutleder på et dansk universitet, og der er fortsat en lang række organer, der sikrer inddragelsen af medarbejdere og studerende i universiteternes drift og udvikling.
Disse nyeste udviklinger siger noget om, at de danske universiteter, hvis størrelser og budgetter er mangedoblet siden 1970’erne, i langt højere grad end tidligere anses som tilhørende det omgivende samfund. Mange af de gamle principper lever dog samtidig videre i den gældende universitetslov, herunder den bærende idé, at universiteter er forpligtet til at levere forskning og undervisning indtil højeste internationale niveau.