Ud over at være indskrevet ved Ph.d.-skolen, er fakultetets ph.d.-studerende typisk tilknyttet et af Det Humanistiske Fakultets forskeruddannelsesprogrammer. Forskeruddannelsesprogrammerne udarbejder kursusprogram og tager initiativ til studiekredse og andre ph.d.-aktiviteter. Desuden udbyder de - i samarbejde med Ph.d.-skolen - faglige kurser m.v. til deres ph.d.-studerende. Forskeruddannelsesprogrammerne koordinerer deres arbejde med forskeruddannelsesprogrammer ved andre universiteter på det nationale og internationale plan.
Ved Det Humanistiske Fakultet findes følgende forskeruddannelsesprogrammer med egne hjemmesider:
Filosofi, pædagogik og religionsstudier
Historie, områdestudier og arkæologi
Litteratur, æstetik og kultur
Medier, teknologi og social interaktionSprog og kommunikation