Den øverste ledelse består af rektor, prorektor og universitetsdirektøren.
Prorektor bistår rektor i den daglige ledelse efter aftale med rektor.
Universitetsdirektøren er efter bemyndigelse fra rektor leder af universitetets administration og varetager legalitetskontrol.
I den daglige ledelse bistås rektor af direktionen. Direktionen består af rektor, prorektor, universitetsdirektør, dekanerne, overbibliotekaren og andre ledelsesrepræsentanter udpeget efter rektors nærmere bestemmelse med rektor som ordførende. Direktionen holder 13-15 møder om året.
Medlemmerne af direktionen er:
Rektor Jens Oddershede
Sekretær: Kirsten Markussen
Prorektor Bjarne G. Sørensen
Sekretær Lisbeth Saxtorph
Universitetsdirektør Jacob Schmidt
Sekretær: Tina Kortbek
Dekan Flemming G. Andersen, Det Humanistiske Fakultet
Sekretær: Else Jensen
Dekan Henrik Pedersen, Det Naturvidenskabelige Fakultet
Sekretær: Anne Christiansen
Dekan Ole Skøtt, Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet
Sekretær: Anne-Marie Cornelius Poulsen
Dekan Per Michael Johansen, Det Tekniske Fakultet
Sekretær: Tina Skoubo
Dekan Jesper Strandskov, Det Samfundsvidenskabelige Fakultet
Sekretær: Lena H. Jeppesen
Den øvrige ledelse, det vil sige institutledere og studieledere, varetager deres opgaver efter bemyndigelse fra rektor.