Centret har forpligtet sig til at bedrive forskning i forhold og udviklinger i det moderne Mellemøsten, der defineres som området fra Marokko i vest til Iran i øst og fra Tyrkiet i nord til Sudan i syd.
Forskingen ved Center for Melleøststudier omfatter et bredt felt af forskningsområder med relation til det moderne Mellemøsten. En væsentlig del af forskningsaktiviteterne falder indenfor en ramme som man kan kalde European-Middle Eastern Encounters. Centrets forskning betragter Mellemøsten som en del af den globaliserede verden og analyserer regionale, internationale og transnationale sammenhænge mellem Golfen, de mediterrane områder og Europa. Forskerne beskæftiger sig med autoritære regimer, regionale statsformer, forsøg på at fremme demokrati og politiske, økonomiske og kulturelle modsætninger i regionen og dens forhold til Europa. Derudover bedrives der forskning om kulturmøder i en europæisk/vestlig kontekst, hvor identitet og legitimitet, etniske mindretal, radikale islamistiske grupper, sikkerhedsspørgsmål og migration er vigtige felter. Centrets forskningsstrategi bygger på en uddybelse af perspektiver som analyserer Mellemøsten i en global kontekst, som en integreret del af det moderne verdenssamfund. En vigtig gren af centrets arbejde er derudover tilegnelse af arabisk eller andre mellemøstlige sprog. Medarbejderne på sprogområdet arbejder med sprogteoretisk og sprogpædagoisk forskning.