Syddansk Universitetsbibliotek opstod ved en fusion mellem forskningsbibliotekerne tilknyttet de institutioner – Odense Universitet, Handelshøjskole Syd-Ingeniørhøjskole Syd og Sydjysk Universitetscenter – der indgik i Syddansk Universitet. Fusionen blev gennemført med virkning fra 1. januar 1999.
I 2006 fusionerede SDU med Ingeniørhøjskolen Odense Teknikum, hvorved Odense Tekniske Bibliotek blev en del af SDUB. Handelshøjskolecentret Slagelse blev ved indgangen til 2007 indfusioneret i Syddansk Universitet som det femte campusbibliotek.
På SDUBs egen hjemmeside kan man læse mere om de bogsamlinger, der gennem tiden er indgået i SDUB, for eksempel Herlufsholm Skoles bibliotek, Fyens Stiftsbibliotek, Statskonsulent K. Hansens samling og Julius Bomholts samling.