Fakultetets nuværende struktur stammer i store dele fra begyndelsen af 1990erne. I august måned 1989 fremlagde den daværende dekan Carl Bache et forslag, der skulle reducere antallet af institutter fra de daværende elleve til tre nye store institutter. Forslaget resulterede i en hed debat, som varede i næsten et helt år. Den 29. marts 1990 kunne det Humanistiske Fakultet indstille overfor konsistorium, at følgende institutter blev nedlagt: Engelsk Institut, Historisk Institut, Institut for Erhvervssprog, Institut for Germansk Filologi, Institut for Klassiske Studier, Institut for Litteraturvidenskab, Nordisk Institut, Rasmus Rask Instituttet for Lingvistik, Romansk Institut og Slavisk Institut. I stedet skulle der oprettes tre nye institutter, som kunne favne fakultetets kerneområder: Institut for Sprog og Kommunikation (ISK), Institut for Historie, Kultur og Samfundsbeskrivelse (IHKS), og Institut for Litteratur Kultur, og Medier (ILKM). Filosofisk Institut fik lov at eksistere i dets daværende form i en 3-årig periode.
Sidenhen er yderligere to institutter kommet til. Institut for Fagsprog, Kommunikation, og Informationsvidenskab (IFKI) blev skabt i forbindelse med den store fusion i 1998, og Institut for Filosofi, Pædagogik, og Religion (IFPR) blev en realitet i 2005, da Dansk Institut for Gymnasiepædagogik blev sammenlagt med Institut for Filosofi og Religion.
Du kan læse mere om den forskning, der er forankret på de enkelte institutter herunder, samt om de mange spændende uddannelser, der udbydes.