Ledelsessekretariatet er sekretariat for rektor, prorektor og universitetsdirektøren, og betjener universitetets bestyrelse, repræsentantskab, direktion og en række udvalg og fonde. Ledelsessekretariatet er ligeledes ansvarlig for en række koordinerende funktioner, herunder kontakt til erhvervsnetværk, kommuner, regionen, ministerier og andre uddannelsesinstitutioner. Herudover er Videnregionen/Wissenregion, der arbejder med at udvikle forsknings- og uddannelsessamarbejder mellem syddanske og nordtyske uddannelsesinstitutioner, og EU-projektet International Brainstormers, placeret i sekretariatet.
Sekretariatets overordnede opgaver omfatter: udarbejdelse af universitetets overordnede strategi samt planlægning af strategiske satsningsområder, uddannelses- og forskningspolitisk sagsbehandling, mødebetjening af bestyrelse, repræsentantskab og direktion, udviklingskontrakt og ledelsesbetjening i øvrigt. Årsfest, ph.d.-afslutning, Forskningens Døgn.
Herudover består ledelsessekretariatet af to enheder:
- Juridisk Kontor, som er ansvarlig for juridisk rådgivning og sagsbehandling til ledelse og fakulteter samt forhandling og udarbejdelse af samarbejdsaftaler og kontrakter for universitetet og Region Syddanmark.
- Teknologioverførsel, som er ansvarlig for patentering og kommercialisering af universitetets og Region Syddanmarks opfindelser, herunder vurdering af opfindelser og markedsforhold til brug for udarbejdelse af modeller for kommercialisering.